Une collaboration qui montre la puissance de la science africaine et comment la majorité des variantes de la COVID-19 ont été introduites en Afrique
Une publication majeure d’Afrique est présentée dans la revue prestigieuse Science. Cette publication montre comment l’expansion rapide de la surveillance génomique en Afrique a permis au continent de décrire en temps réel l’introduction et la propagation des variantes du SARS-CoV-2 dans les pays africains.
https://www.science.org/doi/10.1126/science.abq5358
La publication compte plus de 300 auteurs d’Afrique et de l’étranger qui ont travaillé ensemble pour décrire et analyser plus de 100 000 génomes et caractériser des variantes en temps réel. Il s’agissait du plus grand consortium de scientifiques africains et d’institutions de santé publique travaillant ensemble pour soutenir la réponse à la COVID-19 basée sur les données en Afrique.
Cette publication montre comment l’investissement important, la collaboration et le renforcement des capacités dans la surveillance génomique sur le continent africain ont permis une réponse de santé publique en temps réel. Il décrit en particulier la mise en place de Africa Pathogen Genomics Initiative (Africa PGI) et du réseau continental par Africa CDC et l’OMS AFRO pour élargir l’accès au séquençage et couvrir les angles morts de la surveillance, parallèlement à la croissance du nombre de pays capables de séquencer le SRAS-CoV-2 dans le pays.
« La publication souligne qu’un investissement soutenu pour le diagnostic et la surveillance génomique en Afrique était nécessaire non seulement pour aider à lutter contre le SRAS-CoV-2 sur le continent, mais aussi pour établir une plate-forme capable de faire face aux menaces émergentes, réémergentes et endémiques de maladies infectieuses, telles que Le Virus Ebola, le VIH/sida, la tuberculose et le paludisme. Ces investissements sont cruciaux pour la préparation et la réponse aux pandémies et serviront la santé du continent durant le 21e siècle. » A déclaré le Dr Yenew Kebede, chef de la division des systèmes et réseaux de laboratoire au CDC Afrique
Cette collaboration a été menée par deux laboratoires qui ont mis en place le réseau de surveillance génomique en Afrique du Sud, le CERI de l’Université de Stellenbosch, le KRISP de l’UKZN, en étroite coordination avec le CDC Afrique, l’AFRO de l’OMS et 300 autres institutions à travers le continent.
Les résultats mettent également en évidence la capacité d’alerte précoce que la surveillance génomique en Afrique a eu pour le reste du monde avec la détection de nouvelles lignées et variantes, la plus pertinente étant la détection de Beta et de diverses sous-variantes d’Omicron. La publication souligne que la plupart des variantes à l’origine de l’épidémie en Afrique ont été introduites de l’étranger.
Les premières vagues d’infections en Afrique ont été principalement ensemencées par de multiples introductions de lignées virales en provenance de l’étranger (principalement d’Europe). Le variant Alpha qui a émergé en Europe à la fin de 2020 a fini par causer des infections dans 43 pays avec des preuves de transmission communautaire au Ghana, au Nigeria, au Kenya, au Gabon et en Angola. Pour Delta, la majeure partie des introductions a été attribuée à l’Inde (~72%), à l’Europe continentale (~8%), au Royaume-Uni (~5%) et aux États-Unis (~2,5%). Des introductions virales de Delta se sont également produites d’un pays africain à d’autres dans 7% des introductions présumées. Pour Omicron, les résultats scientifiques ont déduit plus de réintroductions du variant en Afrique, au moins 69 (IC à 95% : 60 – 78) d’Europe et 102 (IC à 95% : 92 – 112) d’Amérique du Nord que d’autres pays africains. Cela a été amplifié pour Omicron BA.2 ; les résultats déduisent au moins 99 événements distincts d’introduction ou de réintroduction de BA.2 dans les pays africains, dont environ 65% proviennent d’Europe et ~ 30% d’Asie.
Les scientifiques ont procédé avec soin à l’analyse des données génomiques et épidémiologiques recueillies dans plus de 50 pays qui ont connu des épidémies assez hétérogènes afin de reconstruire la dynamique de transmission du virus de la manière la plus précise. « Les méthodes phylogéographiques que nous employons pour étudier le mouvement du virus SARS-CoV-2 et de ses variantes à l’extérieur et à l’intérieur du continent africain représentent des proportions inégales de tests et d’échantillonnages entre les pays, découlant des réalités du séquençage génomique au milieu d’une pandémie, souvent dans des contextes à faibles ressources . », explique le Dr Eduan Wilkinson, responsable de la bioinformatique au CERI de l’Université de Stellenbosch et auteur principal de cette publication.
https://www.science.org/doi/10.1126/science.abq5358
« La partie ironique de ces résultats est que la plupart des introductions de variantes en Afrique provenaient de l’étranger, mais l’Afrique était le continent le plus discriminé et le plus pénalisé au monde avec des interdictions de voyager. Je crois que le monde doit s’excuser auprès de l’Afrique et soutenir la construction d’infrastructures pour pivoter vers d’autres épidémies sans craindre que le continent ne soit puni à nouveau », a déclaré le professeur Tulio de Oliveira, directeur des deux instituts, CERI et KRISP, qui dirigent l’analyse du consortium avec le CDC Afrique et l’AFRO de l’OMS.
« Cette étude témoigne des efforts déployés par Africa CDC – Africa Pathogen Genomics Initiatives pour élargir l’accès au séquençage aux États membres et créer une plate-forme de coordination et de collaboration entre les institutions à l’intérieur et à l’extérieur du continent. » A déclaré le Dr Ahmed Ogwell, directeur par intérim du CDC Afrique.
À propos du Centre de recherche et formation en infectiologie de Guinée (CERFIG)
Le CERFIG participe à la recherche scientifique et la formation dans le domaine des maladies infectieuses en Guinée et développe des partenariats avec des institutions de recherche, universités guinéennes et étrangères. Ce centre, à vocation sous-régionale, développe des travaux de recherche pluridisciplinaires et facilite la formation par la recherche.
Le CERFIG contribue à la surveillance génomique en temps réel du SARS-CoV-2 en Guinée depuis avril 2021 à travers le projet AFROSCREEN, et également à la riposte de la pandémie en Guinée. Le centre collabore avec différentes institutions à travers différents programmes de renforcement de capacité en technologie de séquençage NGS et en bio-informatique initiés par CDC Afrique, Africa Pathogen Genomic Initiative (Africa PGI), de l’OMS Afrique, l’Organisation Ouest Africaine de la Santé OOAS.
